Die Fließgewässer unserer Landschaft wurden in der Vergangenheit in unterschiedlichem Ausmaß begradigt, ausgebaut, angestaut oder in ihrem Lauf verlegt. Durch den Verlust natürlicher Strukturen wurde die Funktionsfähigkeit der Gewässer stark eingeschränkt. Mit der Begradigung von Fließgewässern und der Beseitigung gewässerbegleitender Gehölz- und Krautsäume kam es nicht nur zu einer erhöhten Abflussgeschwindigkeit, sondern auch zu Einschränkungen der Attraktivität und des Erholungswertes der Landschaft. Mit der Einschränkung der eigendynamischen Entwicklungsfähigkeit verschlechterten sich auch die Lebensbedingungen von Tieren und Pflanzen. Einer der gravierendsten Folgen ist jedoch die Zunahme von Hochwasserkatastrophen aufgrund des reduzierten Rückhaltevermögens der Gewässer und ihrer Auen. Im Zuge des prognostizierten Klimawandels ist von einer Verschärfung der Situation auszugehen. Umso wichtiger ist es, Maßnahmen zu ergreifen, die zur Verbesserung des Retentionsvermögens von Fließgewässern beitragen.
Während die Einträge von Schad- und Nährstoffen in Gewässer aufgrund der verbesserten Umweltgesetzgebung z. B. durch den Bau von Kläranlagen mittlerweile vielerorts deutlich zurückgegangen sind und die chemische und biologische Gewässergüte sich wieder verbessert, ist bezüglich der Gewässerstruktur, der Ausgestaltung und Funktionsfähigkeit der Gewässerbetten, der Uferbereiche und -säume sowie der Auen insgesamt noch ein hoher Handlungsbedarf gegeben.
Während früher ein Ausbau aus rein wirtschaftlichen Gesichtspunkten stattfand, steht heute die Erhaltung, Wiederherstellung bzw. Förderung der natürlichen Funktionen der Gewässer im Vordergrund. Die Verpflichtung zur ökologisch orientierten Pflege und nachhaltigen Entwicklung von Gewässern ergibt sich aus den Wasser- und Naturschutzgesetzen, dem Landesentwicklungsprogramm Bayern und der Agenda 2010. Verstärkt wird diese Anforderung durch die Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) der EU, die bis zum Jahr 2015 einen „guten ökologischen und chemischen Zustand“ für alle natürlichen Gewässer fordert. Die chemische und biologische Gewässergüte unserer Fließgewässer hat sich in den letzten Jahren verbessert. Eine Erhöhung der Funktionsfähigkeit ist jedoch nur möglich, wenn das Gewässer mit ökologisch funktionsfähigen Strukturen ausgestattet ist. Hier bestehen deutliche Defizite und hoher Handlungsbedarf ist gegeben.
Vor allem an Gewässern III. Ordnung ist Handlungsbedarf gegeben. Sie stellen mit etwa 60.000 km von den insgesamt 70.000 km Fließgewässern den überwiegenden Teil des Fließgewässernetzes in Bayern dar. Darüber hinaus sind sie als strukturanreichernde Elemente für das Landschaftsbild und unter anderem als Vernetzungsband für den Naturhaushalt von hoher Bedeutung. Als Vorfluter unserer Flüsse, die das gesamte Land durchfließen, sind sie maßgebend für ihren Wasserabfluss und beeinflussen ihre Qualität.
Das Gewässerentwicklungskonzept (GEK) zeigt als gewässerbezogener Fachplan notwendige Maßnahmen auf, um die natürliche Entwicklung der Gewässer zu verbessern und dient als Grundlage für detaillierte Planungen.
Insgesamt ist die Erstellung eines Gewässerentwicklungskonzeptes aus folgenden Gründen notwendig und sinnvoll: